Ғылыми-зерттеу орталығы «Қазгидромет» РМК негізгі ғылыми бөлімшесі болып табылады, оның міндеттері:
1. Климаттың өңірлік және жаһандық модельдері негізінде Қазақстан климатының ауытқуы мен болашақтағы өзгерістерін болжау;
2. Су тасқыны және су басу кезінде Қазақстанның жазық және таулы өзендерінің ағынын болжау үшін сандық гидрологиялық модельдерді бейімдеу;
3. Жазық және таулы өзендердің ағынын, су қоймаларына және континентішілік су айдындарына су ағынын болжау әдістерін әзірлеу;
4. Су шаруашылығы бассейндерінің жер үсті суларының ресурстарын бағалау;
5. Қазақстанның гидрометеорологиялық желісін оңтайландыруға әдістемелік тәсілді әзірлеу;
6. Каспий теңізі үшін сандық гидродинамикалық модельдерді бейімдеу және теңіз болжамдарының әдістерін әзірлеу;
7. Каспий теңізінің қазақстандық бөлігінің деңгейлік бетінің ауытқу болжамдарын және жедел теңіз болжамдары мен Каспий теңізіндегі мұз жағдайына шолуларды шығару.
8. Селдерді болжау әдістерін әзірлеу;
9. Қазақстан Республикасының таулы аумақтарына арналған нөсер жаңбырдан пайда болатын селдердің жедел болжамдарын шығару, сондай-ақ нөсер жаңбырдан туындайтын сел қаупі жөніндегі кеңестерді беру.
Ғылыми-зерттеу орталығының құрамына 5 басқарма кіреді:
1. Каспий теңізінің гидрометеорологиялық зерттеулер басқармасы теңіз болжамдары мен нормативтік құжаттардың әдістерін, Каспий теңізінің қазақстандық секторының гидрометеорологиялық мониторингін ұйымдастыру және жүргізу жөніндегі әдістемелік нұсқаулықты әзірлеумен айналысады, қысқа мерзімді және орта мерзімді, мамандандырылған теңіз болжамдарын, сондай-ақ Каспий теңізінің деңгейлік бетінің ауытқуының ұзақ мерзімді болжамдарын, Каспий теңізіндегі жиналу-қарқындау құбылыстары мен мұз жағдайына шолу жасауды жүзеге асырады, Каспий теңізі мен Каспий маңы аймағының гидрометеорологиялық проблемалары бойынша ғылыми-зерттеу жұмыстарын орындауды жүзеге асырады.
2. Климаттық зерттеулер басқармасы Қазақстан климатын және климат құраушы факторларды зерттеумен айналысады, алдын ала болжамдарды жетілдіру мақсатында күтілетін климаттық жағдайлар туралы климаттың өңірлік және жаһандық модельдері негізінде Қазақстан климатының ауытқуы мен болашақ өзгерістерін болжау бойынша жұмыстарды орындайды, климаттың өзгеруіне қатысты экожүйелердің, экономиканың, халықтың, мемлекеттік институттар мен мемлекеттің инфрақұрылымының осалдық дәрежесін және оларға бейімделудің қазіргі мүмкіндіктерін бағалауды жүргізеді.
3. Метеорологиялық зерттеулер және есептеулер басқармасы облыс және аудан бойынша ауыл шаруашылығы дақылдарының түсімділігін болжау әдістемелерін әзірлеумен, Жерді қашықтықтан зондтау деректерімен жер бетіндегі деректерді құрамдастыра пайдаланумен айналысады, қар жинау және қар еру процестерін модельдеу бойынша жұмыс жүргізеді, ҚР қалалары бойынша қолайсыз метеорологиялық жағдайларды болжау әдістемесін әзірлеумен және енгізумен айналысады.
4. Гидрологиялық процестер мен гидрологиялық есептеулерді модельдеу басқармасы сандық гидрологиялық модельдерді бейімдеумен және енгізумен айналысады, Қазақстан өзендерінің ағысы мен көлемінің болжамдарын шығаруды жетілдіру үшін Бұқтырма, Шүлбі, Бестөбе су қоймаларына ағындар бойынша консультативтік болжамдар шығарады, негізгі өзен бассейндері мен олардың учаскелерінің байқалған және табиғи ағындарына гидрологиялық зерттеулер жүргізеді.
5. Сел үдерістерін зерттеу және селдерді болжау басқармасы жаңбырдан пайда болатын сел қауіптілігін мониторингтеуді, жаңбырдан туындайтын селдердің қысқа мерзімді және өте қысқа мерзімді болжамдарын шығаруды, сондай-ақ Қазақстан Республикасының таулы аумақтарына арналған сел қауіптілігі жөніндегі кеңестерді жүзеге асырады; селді болжау әдістері мен нормативтік құжаттарды әзірлеумен айналысады; сел мәселелері бойынша ғылыми-зерттеу жұмыстарын орындайды.